3#01 No Man's Land titre français :
Invités :Andee Frizzell (Reine Wraith) Scott Heindl (Merrick/Wraith) Robert Picardo (Richard Woolsey) Connor Trinneer (Michael )
résumé :Après que les Wraith leur est mentit, Le Dédale repart vers Atlantis alors que Rodney et Ronon sont retenu prisonniers à bord d'un vaisseau ruche qui se dirige vers la Terre; mais Sheppard devrait leur porter secours !
3#02 Misbegottentitre français :
Invités :Connor Trinneer (Michael) Andee Frizzell (Reine Wraith) Robert Picardo (Richard Woolsey) Mitch Pileggi (Steven Caldwell) Kavan Smith (Lorne) David Nykl (Radek Zelenka)
résumé :Après avoir injecté le rétrovirus à tout un vaisseau ruche, mais il y a un problème par rapport à cet colonie Wraith transformé. Sur Atlantis, Weir se fait évalué par Woolsey.
3#03 Irresistible titre français :
IrrésistibleInvités :Richard Kind (Lucius Lavin) David Nykl (Zelenka)
résumé :L'équipe d'Atlantis découvre un homme adoré de tous, et qui va avoir un effet inattendu sur eux.
3#04 Satedatitre français :
SatedaInvités :Alexandra Carter (Linor) Frank Collison (Keturah) Chiara Zanni (Melena) Curtis Caravaggio (Airman)
résumé :Ronon Dex se fait capturé par des Wraith et revient sur son monde natal. Là, son passé va le hanter et il va de nouveau devenir la proie des Wraith.
3#05 Progeny titre français :
Invités :David Ogden Stiers (Oberoth) John O'Callaghan (Niam)
résumé :L'équipe découvre une civilisation très avancée qui s'est séparée des Lantiens. Mais au fur et à mesure du temps, ils vont découvrir qu'eux aussi veulent Atlantis.
3#06 The Real World titre français :
Le monde réelInvités :Richard Dean Anderson (General Jack O'Neill) Alan Ruck (Dr. Fletcher)
résumé :Le Dr. Weir se réveille dans une institution pour les personnes souffrant de troubles mentaux. Là, elle apprend que le SGC et l'expédition d'Atlantis ne sont que le fruit de son imagination.
3#07 Common Groundtitre français :
La terre communeInvités :Robert Davi (Kolya)
Résumé :Le Colonel Sheppard se trouve prisonnier de Kolya, l'un des chefs des Genii, et un Wraith qui a été séparé de sa ruche.
3#08 McKay and Mrs. Millertitre français :
McKay et Mme MillerInvités :Kate Hewlett (Jeannie Miller), Amanda Tapping (Samantha Carter)
Résumé :La soeur de Mckay ainsi que Sam se rendent sur Atlantis